| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Jean Bauhin | Audincourt | Doubs (25) | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Jean Jaurès | Saint-Vit | Doubs (25) | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Jean-Claude Bouquet | Morteau | Doubs (25) | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Jean-Jacques Rousseau | Voujeaucourt | Doubs (25) | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Jouffroy d'Abbans | Sochaux | Doubs (25) | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Jules Ferry | Delle | Territoire de Belfort (90) | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Jules Grévy | Poligny | Jura (39) | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Lou Blazer | Montbéliard | Doubs (25) | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du collège Louis Pasteur | Jussey | Haute-Saône (70) | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Maryse Bastié | Dole | Jura (39) | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Mont Miroir | Maîche | Doubs (25) | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Pierre et Marie Curie | Héricourt | Haute-Saône (70) | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège privé Notre-Dame | Dole | Jura (39) | Privé | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège privé Notre-Dame | Besançon | Doubs (25) | Privé | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Proudhon | Besançon | Doubs (25) | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Pré Saint Sauveur | Saint-Claude | Jura (39) | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du collège René Cassin | Baume-les-Dames | Doubs (25) | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Robert et Sonia Delaunay | Gray | Haute-Saône (70) | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Saint-Exupéry | Lons-le-Saunier | Jura (39) | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Simone Signoret | Belfort | Territoire de Belfort (90) | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Vauban | Belfort | Territoire de Belfort (90) | Public | — |
| SEGPA Annexe du Collège de Doubs | Doubs | Doubs (25) | Public | — |
| SEGPA du Collège des Thermes | Luxeuil-les-Bains | Haute-Saône (70) | Public | — |