| Collège Jean-Claude Bouquet - Villers-le-Lac | Villers-le-Lac | Doubs (25) | Public | 104,1 |
| Collège Jouffroy d'Abbans | Sochaux | Doubs (25) | Public | — |
| Collège Jules Ferry | Delle | Territoire de Belfort (90) | Public | — |
| Collège Jules Grévy | Mont-sous-Vaudrey | Jura (39) | Public | — |
| Collège Jules Grévy | Poligny | Jura (39) | Public | 104,7 |
| Collège Jules Jeanneney | Rioz | Haute-Saône (70) | Public | 111,8 |
| Collège la Providence | Chèvremont | Territoire de Belfort (90) | Privé | — |
| Collège le Rochat | Les Rousses | Jura (39) | Public | — |
| Collège les Bruyères | Valentigney | Doubs (25) | Public | — |
| Collège Les Clairs Soleils | Besançon | Doubs (25) | Public | — |
| Collège les Hautes Vignes | Seloncourt | Doubs (25) | Public | — |
| Collège les Louataux | Champagnole | Jura (39) | Public | 104,9 |
| Collège Les Villanelles | Rougemont | Doubs (25) | Public | — |
| Collège Lou Blazer | Montbéliard | Doubs (25) | Public | — |
| Collège Louis Bonnemaille | Pays-de-Clerval | Doubs (25) | Public | — |
| Collège Louis Bouvier | Saint-Laurent-en-Grandvaux | Jura (39) | Public | 102,5 |
| Collège Louis et Auguste Lumière | Besançon | Doubs (25) | Public | 124,8 |
| Collège Louis Pasteur | Jussey | Haute-Saône (70) | Public | 90,2 |
| Collège Louis Pasteur | Arbois | Jura (39) | Public | 110,1 |
| Collège Louis Pergaud | Pierrefontaine-les-Varans | Doubs (25) | Public | 96,4 |
| Collège Louis Pergaud | Faverney | Haute-Saône (70) | Public | 95,2 |
| Collège Louis Pergaud | Villersexel | Haute-Saône (70) | Public | 99,9 |
| Collège Lucie Aubrac | Doubs | Doubs (25) | Public | — |
| Collège Lucie Aubrac | Morvillars | Territoire de Belfort (90) | Public | 101,3 |
| Collège Lucien Febvre | Saint-Amour | Jura (39) | Public | 96,1 |
| Collège Léonard de Vinci | Belfort | Territoire de Belfort (90) | Public | 91,4 |
| Collège Marcel Aymé | Chaussin | Jura (39) | Public | 95,1 |
| Collège Maryse Bastié | Dole | Jura (39) | Public | — |
| Collège Michel Brézillon | Orgelet | Jura (39) | Public | 106,4 |
| Collège Michel Colucci | Rougemont-le-Château | Territoire de Belfort (90) | Public | — |
| Collège Mont Miroir | Maîche | Doubs (25) | Public | 96,0 |
| Collège Mozart | Danjoutin | Territoire de Belfort (90) | Public | 116,6 |
| Collège Notre-Dame des Anges | Belfort | Territoire de Belfort (90) | Privé | 103,4 |
| Collège Olympe de Gouges site de Saint-Hyppolyte | Saint-Hippolyte | Doubs (25) | Public | 103,6 |
| Collège Paul Langevin | Étupes | Doubs (25) | Public | 109,7 |
| Collège Paul Élie Dubois | L'Isle-sur-le-Doubs | Doubs (25) | Public | — |
| Collège Philippe Grenier | Pontarlier | Doubs (25) | Public | 98,2 |
| Collège Pierre et Marie Curie | Héricourt | Haute-Saône (70) | Public | — |
| Collège Pierre Vernier | Ornans | Doubs (25) | Public | — |
| Collège Pierre Vernotte | Moirans-en-Montagne | Jura (39) | Public | — |
| Collège Pierre-Hyacinthe Cazeaux | Hauts de Bienne | Jura (39) | Public | 91,7 |
| Collège privé du Sacré-Coeur | Vercel-Villedieu-le-Camp | Doubs (25) | Privé | 103,1 |
| Collège privé François Cartannaz | Pirey | Doubs (25) | Privé | — |
| Collège privé Immaculée Conception | Le Russey | Doubs (25) | Privé | — |
| Collège privé Jean Bosco | Orchamps-Vennes | Doubs (25) | Privé | 100,4 |
| Collège privé Jeanne d'Arc | Champagnole | Jura (39) | Privé | — |
| Collège privé Laurent Monnier | Saint-Aubin | Jura (39) | Privé | 93,2 |
| Collège privé le Marteroy | Vesoul | Haute-Saône (70) | Privé | — |
| Collège privé les Augustins | Pontarlier | Doubs (25) | Privé | — |
| Collège privé Menans | Gy | Haute-Saône (70) | Privé | — |