| Collège privé Notre-Dame | Hauts de Bienne | Jura (39) | Privé | 89,8 |
| Collège privé Notre-Dame | Poligny | Jura (39) | Privé | — |
| Collège privé Notre-Dame de l'Annonciation | Cressia | Jura (39) | Privé | — |
| Collège privé Notre-Dame de la Salette | Voiteur | Jura (39) | Privé | — |
| Collège privé Notre-Dame de Mont-Roland | Dole | Jura (39) | Privé | — |
| Collège privé Notre-Dame Institution Notre-Dame Saint-Jean | Besançon | Doubs (25) | Privé | — |
| Collège privé Sacré-Coeur | Amancey | Doubs (25) | Privé | 98,4 |
| Collège privé Saint-Anatoile | Salins-les-Bains | Jura (39) | Privé | 94,8 |
| Collège privé Saint-Colomban | Luxeuil-les-Bains | Haute-Saône (70) | Privé | — |
| Collège privé Saint-Joseph | Héricourt | Haute-Saône (70) | Privé | 105,2 |
| Collège privé Saint-Joseph | Levier | Doubs (25) | Privé | 89,0 |
| Collège privé Saint-Joseph | Maîche | Doubs (25) | Privé | — |
| Collège privé Saint-Maimboeuf | Montbéliard | Doubs (25) | Privé | 112,1 |
| Collège privé Saint-Pierre Fourier Sainte Jeanne d'Arc | Gray | Haute-Saône (70) | Privé | 96,2 |
| Collège privé Sainte-Anne Saint-Joseph | Lure | Haute-Saône (70) | Privé | 94,1 |
| Collège privé Sainte-Jeanne d'Arc | Morteau | Doubs (25) | Privé | — |
| Collège privé Sainte-Jeanne-Antide | Sancey | Doubs (25) | Privé | — |
| Collège privé Sainte-Marie | Belfort | Territoire de Belfort (90) | Privé | — |
| Collège privé Sainte-Marie | Lons-le-Saunier | Jura (39) | Privé | 110,4 |
| Collège privé Sainte-Ursule | Besançon | Doubs (25) | Privé | — |
| Collège Proudhon | Besançon | Doubs (25) | Public | 93,4 |
| Collège Pré Saint-Sauveur | Saint-Claude | Jura (39) | Public | — |
| Collège Raymond Gueux | Gy | Haute-Saône (70) | Public | 108,1 |
| Collège René Cassin | Noidans-lès-Vesoul | Haute-Saône (70) | Public | — |
| Collège René Cassin | Baume-les-Dames | Doubs (25) | Public | — |
| Collège René Goscinny | Valdoie | Territoire de Belfort (90) | Public | 107,8 |
| Collège René Perrot | Le Russey | Doubs (25) | Public | — |
| Collège Robert et Sonia Delaunay | Gray | Haute-Saône (70) | Public | 94,4 |
| Collège Romé de l'Isle | Gray | Haute-Saône (70) | Public | 100,4 |
| Collège Rouget-de-Lisle | Lons-le-Saunier | Jura (39) | Public | — |
| Collège Saint-Exupéry | Lons-le-Saunier | Jura (39) | Public | — |
| Collège Saint-Exupéry | Beaucourt | Territoire de Belfort (90) | Public | 101,1 |
| Collège Saint-Joseph | Besançon | Doubs (25) | Privé | 120,4 |
| Collège Saint-Oyend | Saint-Claude | Jura (39) | Privé | — |
| Collège Sainte-Jeanne-Antide | Labergement-Sainte-Marie | Doubs (25) | Privé | — |
| Collège Sainte-Marie | Ornans | Doubs (25) | Privé | — |
| Collège Simone Signoret | Belfort | Territoire de Belfort (90) | Public | 71,7 |
| Collège Stendhal | Besançon | Doubs (25) | Public | — |
| Collège Val de Rosemont | Giromagny | Territoire de Belfort (90) | Public | 111,2 |
| Collège Vauban | Belfort | Territoire de Belfort (90) | Public | 97,8 |
| Collège Victor Considerant | Salins-les-Bains | Jura (39) | Public | — |
| Collège Victor Hugo | Besançon | Doubs (25) | Public | — |
| Collège Victor Schoelcher | Champagney | Haute-Saône (70) | Public | 103,2 |
| Collège Voltaire | Besançon | Doubs (25) | Public | — |
| Collège Xavier Bichat | Arinthod | Jura (39) | Public | 96,4 |
| Collège Émile Laroue | Frasne | Doubs (25) | Public | — |
| Ecole démocratique de Belfort | Sevenans | Territoire de Belfort (90) | Privé | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Diderot | Besançon | Doubs (25) | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Jacquard | Lure | Haute-Saône (70) | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Jacques Brel | Vesoul | Haute-Saône (70) | Public | — |