| Collège privé Sainte-Jeanne-Antide | Sancey | Privé | — |
| Collège privé Sainte-Ursule | Besançon | Privé | — |
| Collège Proudhon | Besançon | Public | 93,4 |
| Collège René Cassin | Baume-les-Dames | Public | — |
| Collège René Perrot | Le Russey | Public | — |
| Collège Saint-Joseph | Besançon | Privé | 120,4 |
| Collège Sainte-Jeanne-Antide | Labergement-Sainte-Marie | Privé | — |
| Collège Sainte-Marie | Ornans | Privé | — |
| Collège Stendhal | Besançon | Public | — |
| Collège Victor Hugo | Besançon | Public | — |
| Collège Voltaire | Besançon | Public | — |
| Collège Émile Laroue | Frasne | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Diderot | Besançon | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Jean Bauhin | Audincourt | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Jean Jaurès | Saint-Vit | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Jean-Claude Bouquet | Morteau | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Jean-Jacques Rousseau | Voujeaucourt | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Jouffroy d'Abbans | Sochaux | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Lou Blazer | Montbéliard | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Mont Miroir | Maîche | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège privé Notre-Dame | Besançon | Privé | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Proudhon | Besançon | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du collège René Cassin | Baume-les-Dames | Public | — |
| SEGPA Annexe du Collège de Doubs | Doubs | Public | — |