| COLLEGE COLETTE - COLLEGE ALTERNATIF DE BESANCON | Besançon | Privé | — |
| COLLEGE SAINT ANSELME BESANCON | Besançon | Privé | — |
| Collège Aigremont | Roulans | Public | 107,6 |
| Collège Albert Camus | Besançon | Public | — |
| Collège André Boulloche | Bart | Public | — |
| Collège André Malraux | Pontarlier | Public | 102,1 |
| Collège Charles Masson | Blamont | Public | — |
| Collège Claude Girard | Châtillon-le-Duc | Public | — |
| Collège Claude Lorius | Bethoncourt | Public | 75,9 |
| Collège de la Source | Mouthe | Public | — |
| Collège des Quatre Terres | Hérimoncourt | Public | 92,5 |
| Collège Diderot | Besançon | Public | 68,2 |
| Collège Edgar Faure | Valdahon | Public | — |
| Collège Entre Deux Velles | Saône | Public | 121,8 |
| Collège Félix Gaffiot | Quingey | Public | — |
| Collège Georges Pompidou | Pouilley-les-Vignes | Public | — |
| Collège Guynemer | Montbéliard | Public | — |
| Collège Henri Fertet | Sancey | Public | 103,2 |
| Collège Jean Bauhin | Audincourt | Public | — |
| Collège Jean Jacques Rousseau | Voujeaucourt | Public | — |
| Collège Jean Jaurès | Saint-Vit | Public | 112,2 |
| Collège Jean Paul Guyot | Mandeure | Public | — |
| Collège Jean-Claude Bouquet - Villers-le-Lac | Villers-le-Lac | Public | 104,1 |
| Collège Jouffroy d'Abbans | Sochaux | Public | — |
| Collège les Bruyères | Valentigney | Public | — |
| Collège Les Clairs Soleils | Besançon | Public | — |
| Collège les Hautes Vignes | Seloncourt | Public | — |
| Collège Les Villanelles | Rougemont | Public | — |
| Collège Lou Blazer | Montbéliard | Public | — |
| Collège Louis Bonnemaille | Pays-de-Clerval | Public | — |
| Collège Louis et Auguste Lumière | Besançon | Public | 124,8 |
| Collège Louis Pergaud | Pierrefontaine-les-Varans | Public | 96,4 |
| Collège Lucie Aubrac | Doubs | Public | — |
| Collège Mont Miroir | Maîche | Public | 96,0 |
| Collège Olympe de Gouges site de Saint-Hyppolyte | Saint-Hippolyte | Public | 103,6 |
| Collège Paul Langevin | Étupes | Public | 109,7 |
| Collège Paul Élie Dubois | L'Isle-sur-le-Doubs | Public | — |
| Collège Philippe Grenier | Pontarlier | Public | 98,2 |
| Collège Pierre Vernier | Ornans | Public | — |
| Collège privé du Sacré-Coeur | Vercel-Villedieu-le-Camp | Privé | 103,1 |
| Collège privé François Cartannaz | Pirey | Privé | — |
| Collège privé Immaculée Conception | Le Russey | Privé | — |
| Collège privé Jean Bosco | Orchamps-Vennes | Privé | 100,4 |
| Collège privé les Augustins | Pontarlier | Privé | — |
| Collège privé Notre-Dame Institution Notre-Dame Saint-Jean | Besançon | Privé | — |
| Collège privé Sacré-Coeur | Amancey | Privé | 98,4 |
| Collège privé Saint-Joseph | Levier | Privé | 89,0 |
| Collège privé Saint-Joseph | Maîche | Privé | — |
| Collège privé Saint-Maimboeuf | Montbéliard | Privé | 112,1 |
| Collège privé Sainte-Jeanne d'Arc | Morteau | Privé | — |