| Collège Abel Minard | Tonnerre | Public | 87,7 |
| Collège Albert Camus | Auxerre | Public | 101,7 |
| Collège André Leroi-Gourhan | Vermenton | Public | — |
| Collège André Malraux | Paron | Public | 97,6 |
| Collège Champs Plaisants | Sens | Public | 87,5 |
| Collège Chateaubriand | Villeneuve-sur-Yonne | Public | 95,4 |
| Collège Claude Debussy | Villeneuve-la-Guyard | Public | 100,0 |
| Collège de Puisaye | Saint-Fargeau | Public | 96,8 |
| Collège Denfert-Rochereau | Auxerre | Public | 100,4 |
| Collège du Gâtinais en Bourgogne | Saint-Valérien | Public | 100,8 |
| Collège Gaston Ramon | Villeneuve-l'Archevêque | Public | 94,3 |
| Collège Jacques Prévert | Migennes | Public | 85,5 |
| Collège Jean Bertin | Saint-Georges-sur-Baulche | Public | — |
| Collège Jean-Roch Coignet | Courson-les-Carrières | Public | 101,2 |
| Collège Jeanne d'Arc | Avallon | Privé | — |
| Collège La Chenevière des Arbres | Ancy-le-Franc | Public | 98,6 |
| Collège La Croix de l'Orme | Montholon | Public | — |
| Collège les p'tites branches | Saint-Brancher | Privé | — |
| Collège Marcel Aymé | Saint-Florentin | Public | 87,3 |
| Collège Marie Noël | Joigny | Public | 89,6 |
| Collège Maurice Clavel | Avallon | Public | 88,2 |
| Collège Michel Gondry | Charny Orée de Puisaye | Public | 104,0 |
| Collège Miles de Noyers | Noyers | Public | 100,8 |
| Collège Montpezat | Sens | Public | 101,8 |
| Collège Parc des Chaumes | Avallon | Public | 101,7 |
| Collège Paul Bert | Auxerre | Public | 96,2 |
| Collège Paul Fourrey | Migennes | Public | 83,4 |
| Collège Philippe Cousteau | Brienon-sur-Armançon | Public | 91,4 |
| Collège Pierre et Jean Lerouge | Chablis | Public | — |
| Collège Pierre Larousse | Toucy | Public | — |
| Collège Restif de la Bretonne | Pont-sur-Yonne | Public | 94,6 |
| Collège Saint-Jacques | Joigny | Privé | 114,0 |
| Collège Saint-Joseph-La Salle | Auxerre | Privé | 119,2 |
| Collège Saint-Étienne | Sens | Privé | 114,0 |
| Collège Stéphane Mallarmé | Sens | Public | — |
| L'école d'à côté | Saint-Sauveur-en-Puisaye | Privé | — |
| MONTESSORI AUXERRE | Auxerre | Privé | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Abel Minard | Tonnerre | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Champs Plaisants | Sens | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Denfert Rochereau | Auxerre | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Jacques Prévert | Migennes | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Maurice Clavel | Avallon | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Paul Bert | Auxerre | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Pierre Larousse | Toucy | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Restif de La Bretonne | Pont-sur-Yonne | Public | — |