| COLLEGE LES P'TITS NATUROS MONT SOUS VAUDREY | Mont-sous-Vaudrey | Privé | — |
| COLLEGE PRIVE GRAINE DE VIE | Mesnay | Privé | — |
| Collège Aristide Briand | Lons-le-Saunier | Public | 111,1 |
| Collège Claude Nicolas Ledoux | Dole | Public | — |
| Collège de l'Arc | Dole | Public | — |
| Collège des Lacs | Clairvaux-les-Lacs | Public | — |
| Collège des Vernaux Marius Daubigney | Tavaux | Public | — |
| Collège du Parc | Bletterans | Public | 102,7 |
| Collège du Plateau | Lavans-lès-Saint-Claude | Public | — |
| Collège Gilbert Cousin | Nozeroy | Public | 103,8 |
| Collège Gustave Eiffel | Fraisans | Public | 107,2 |
| Collège Jean Jaurès | Damparis | Public | 102,7 |
| Collège Jules Grévy | Mont-sous-Vaudrey | Public | — |
| Collège Jules Grévy | Poligny | Public | 104,7 |
| Collège le Rochat | Les Rousses | Public | — |
| Collège les Louataux | Champagnole | Public | 104,9 |
| Collège Louis Bouvier | Saint-Laurent-en-Grandvaux | Public | 102,5 |
| Collège Louis Pasteur | Arbois | Public | 110,1 |
| Collège Lucien Febvre | Saint-Amour | Public | 96,1 |
| Collège Marcel Aymé | Chaussin | Public | 95,1 |
| Collège Maryse Bastié | Dole | Public | — |
| Collège Michel Brézillon | Orgelet | Public | 106,4 |
| Collège Pierre Vernotte | Moirans-en-Montagne | Public | — |
| Collège Pierre-Hyacinthe Cazeaux | Hauts de Bienne | Public | 91,7 |
| Collège privé Jeanne d'Arc | Champagnole | Privé | — |
| Collège privé Laurent Monnier | Saint-Aubin | Privé | 93,2 |
| Collège privé Notre-Dame | Hauts de Bienne | Privé | 89,8 |
| Collège privé Notre-Dame | Poligny | Privé | — |
| Collège privé Notre-Dame de l'Annonciation | Cressia | Privé | — |
| Collège privé Notre-Dame de la Salette | Voiteur | Privé | — |
| Collège privé Notre-Dame de Mont-Roland | Dole | Privé | — |
| Collège privé Saint-Anatoile | Salins-les-Bains | Privé | 94,8 |
| Collège privé Sainte-Marie | Lons-le-Saunier | Privé | 110,4 |
| Collège Pré Saint-Sauveur | Saint-Claude | Public | — |
| Collège Rouget-de-Lisle | Lons-le-Saunier | Public | — |
| Collège Saint-Exupéry | Lons-le-Saunier | Public | — |
| Collège Saint-Oyend | Saint-Claude | Privé | — |
| Collège Victor Considerant | Salins-les-Bains | Public | — |
| Collège Xavier Bichat | Arinthod | Public | 96,4 |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Jules Grévy | Poligny | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Maryse Bastié | Dole | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège privé Notre-Dame | Dole | Privé | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Pré Saint Sauveur | Saint-Claude | Public | — |
| Section d'enseignement général et professionnel adapté du Collège Saint-Exupéry | Lons-le-Saunier | Public | — |